[요약]
대상판결에서는 법인세법이 정하고 있는 이월결손금에 ‘납세의무자가 적법한 경정청구를 하였을 경우에 과세관청이 경정하여야 하는 결손금’도 포함되는지 여부 및 과세관청이 결손금 감액경정을 하면서 법인세법에서 정한 절차를 준수하지 않은 경우 후행 사업연도 법인세 부과처분에 대한 불복절차에서 선행 사업연도의 감액경정의 위법성을 다툴 수 있는지 여부가 문제되었다.
원심은 선행 사업연도의 결손금에 대한 경정청구기간이 도과하지 않은 경우라면 그 위법사유를 후행 사업연도 법인세 부과처분에 대한 불복절차에서 주장하여 이를 후행 사업연도의 소득금액에서 공제할 수 있다고 보았으나, 대상판결은 법인세법상 이월결손금 규정의 문언 및 그 개정 취지 등을 바탕으로 ‘납세의무자가 적법한 경정청구를 하였을 경우에 과세관청이 경정하여야 하는 결손금’까지 후행 사업연도의 소득금액에서 공제할 수 없다고 함으로써 원심의 판단이 부당하다고 판단하였다.
나아가 대상판결은 ‘과세관청이 결손금 감액경정을 하면서 법인세법에서 정한 통지 등 절차를 준수하지 않아 납세의무자에게 방어권행사 및 불복의 기회가 보장되지 않은 경우’에는 납세의무자가 결손금 감액경정에 대하여 다투지 않았다고 하더라도 이후 사업연도의 법인세 부과처분에 대한 불복절차에서 선행하는 결손금 감액경정의 위법성을 다툴 수 있다고 판단하였다.
대법원은 종전 판결을 통해, 원칙적으로 결손금 감액경정의 위법성에 대하여 후속 사업연도에서의 불복 가능성을 제한하면서도 “특별한 사정”이 있는 예외적인 경우에 대해서는 불복 가능성을 열어둔 바 있는데, 대상판결은 그러한 특별한 사정이 구체적으로 어떠한 경우인지를 제시하였다는 점에서, 그리고 이를 통해 납세의무자의 권리구제 방안을 확대하였다는 점에서 의의를 갖는다.
뿐만 아니라 대상판결은, 원심이 판단한 바와 같이 법 문언에 반하면서까지 납세의무자의 권리구제 범위를 지나치게 확장할 수는 없다는 점을 분명히 한 점에서도 의의가 있다.

[목차]
1. 사실관계
2. 쟁점의 정리
3. 판결의 요지
   가. 원심 판결 [(부산고법 2019누10101, 2021.2.3.) 판결)]
   나. 대상판결
4. 평석
   가. 법인세법 개정에 따른 이월결손금에 대한 불복 방법에 대한 대법원의 입장 변화
   나. 대상판결의 의의

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