[요약]
대상판결에서는 ① 국내사업장을 가진 외국법인이 국내외에 걸쳐 선박에 의한 국제운송업을 영위하면서 발생하는 소득 중 국외에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생한 소득이 외국법인의 국내원천 사업소득으로서 법인세 과세표준에 포함되는지, ② 외국법인의 국내원천소득 총합계액에 포함되는 ‘선박의 외국항행소득’의 존재 및 범위에 대한 증명책임을 누가 부담하는지, ③ 부가가치세 영세율과세표준 신고불성실가산세와 관련하여 영세율 매출액이 적법하게 산정되었다는 사정을 과세관청이 증명하여야 하는지 등이 문제 되었다.
대법원은 원고가 국내뿐만 아니라 국외에서도 선박으로 화물을 운송하는 사업을 영위하였으므로 원고의 손익계산서상 매출액에는 화물의 국외 선적과 관련하여 발생한 매출액이 포함되었을 개연성이 높아, 해당 매출액이 오로지 화물의 국내 선적과 관련하여 발생한 소득으로 구성되었다는 점에 대하여 과세관청의 아무런 주장ㆍ증명이 없는 이상, 위 매출수익 전부가 국내원천소득에 해당한다고 보기 어렵다고 보았다.
또한, 원고의 사업연도 매출액 중 영세율 신고의무가 있는 부분은 화물의 국내 선적과 관련하여 발생한 매출액에 한정되므로, 영세율 적용을 주장하는 피고에게 화물의 국내 선적 관련 매출액의 존재 및 범위에 관한 증명책임이 있다고 판단하였다.
대상판결은 국내사업장을 가진 외국법인이 국내외에 걸쳐 선박에 의한 국제운송업을 영위하는 경우 해당 사업에서 발생하는 소득 중 국내에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생한 소득만이 구 법인세법 제93조 제5호에 따른 해당 외국법인의 국내원천 사업소득으로서 법인세 과세표준에 포함된다는 점, 이 경우 외국법인의 국내원천소득 총합계액에 포함되는 ‘선박의 외국항행소득’의 존재 및 범위도 원칙적으로 과세관청이 증명하여야 한다는 점을 명확히 한 판결로서 의미가 있다.
그리고 영세율과세표준 신고불성실가산세의 과세의 근거가 되는 영세율과세표준의 증명책임은 과세관청에 있으므로 영세율 매출액이 적법하게 산정되었다는 사정에 대한 증명책임도 과세관청에 있다는 법리를 재차 확인하였다.

[목차]
1. 사실관계의 요지
2. 재상고 전까지 소송의 경과
3. 쟁점의 정리
4. 판결의 요지
   가) 환송 후 원심판결 : 서울고법 2021누14, 2022.6.21. 판결
   나) 대상판결 : 대법원 2022두51031, 2024.7.25. 판결
5. 평석
   가) 국내사업장 등이 있는 외국법인의 과세표준 및 국내원천소득에 관한 법리
   나) 외국항행소득에 있어 상호면세주의에 의한 과세권 배분 규정과 국내법상 외국법인의 국내원천소득 규정과의 관계
   다) 대상판결의 의의

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